The object of research, development or design (in Russian) : Трахеальные и клоакальные смывы, кровь, помет, органы, яйца

The object of research, development or design (in Kazakh) : Трахеальды және клоакальды жуулар, қан, қоқыс, мүшелер, жұмыртқалар

Aim of work (in Russian) : Проведение комплексной оценки генетического разнообразия, распространения и циркуляции клинически значимых патогенов птиц, характерных для различных регионов Казахстана, используя современные метагеномные подходы.

Aim of work (in Kazakh) : Қазіргі заманғы метагеномдық тәсілдерді пайдалана отырып, Қазақстанның әртүрлі өңірлеріне тән құстардың клиникалық маңызды патогендерінің генетикалық әртүрлілігін, таралуы мен айналымын кешенді бағалауды жүргізу.

Методы исследования (на русском) : Молекулярно-генетические (выделение ДНК/РНК, секвенирвоание), биоинформатические (оценка альфа и бета разнообразия таксонов), программирование (создание скриптов на языке Python для работы с данными).

Методы исследования (на казахском) : Молекулалық-генетикалық (ДНҚ/РНҚ оқшаулау, реттілік), биоинформатикалық (таксондардың альфа және бета әртүрлілігін бағалау), бағдарламалау (деректермен жұмыс істеу үшін Python тілінде сценарийлер жасау).

Obtained results and novelty (in Russian) : Собраны и систематизированы 198 образцов из 7 регионов Казахстана (Шымкент, Туркестан, Сарыагаш, Караганда, Петропавловск, Усть-Каменогорск и Костанай), что позволяет впервые исследовать региональные особенности микробиома птиц в стране. Проведено секвенирование ДНК 30 пулов образцов на платформе Ion Torrent PGM, что обеспечило высокую точность и детализированность данных. Проведен анализ альфа-разнообразия (SHE-параметры) и бета-разнообразия методом главных компонент, что позволило выявить различия в микробиоте между образцами из различных регионов. Подана 1 статья в журнал имеющий процентиль по CiteScore в базе Scopus - 76 Принята 1 статья в журнал рекомендованный КОКСНВО.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Қазақстанның 7 өңірінен (Шымкент, Түркістан, Сарыағаш, Қарағанды, Петропавл, Өскемен және Қостанай) 198 үлгі жиналып, жүйеленді, бұл елдегі құстар микробиомасының өңірлік ерекшеліктерін алғаш рет зерттеуге мүмкіндік береді. Ion torrent PGM платформасында 30 Үлгі пулының ДНҚ секвенциясы жүргізілді, бұл деректердің жоғары дәлдігі мен егжей-тегжейін қамтамасыз етті. Негізгі компоненттер әдісімен альфа-әртүрлілікке (SHE-параметрлері) және бета-әртүрлілікке талдау жүргізілді, бұл әртүрлі аймақтардан алынған үлгілер арасындағы микробиотадағы айырмашылықтарды анықтауға мүмкіндік берді. Scopus - 76 базасында citescore бойынша процентилі бар журналға 1 мақала берілді КОКСНВО ұсынған журналға 1 мақала қабылданды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Мониторинг генетического разнообразия, распространения и циркуляции патогенов вызывающих серьезные заболевания у птиц, может быть использован в разработке более совершенных диагностических тест-систем и эффективных вакцин и будущих мер контроля, чтобы избежать прямых (смертность) и косвенных (снижение иммунитета к вакцинации) экономических потерь. Подана 1 статья в журнал имеющий процентиль по CiteScore в базе Scopus - 76. Принята 1 статья в журнал рекомендованный КОКСНВО.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Құстарда ауыр ауру тудыратын патогендердің генетикалық әртүрлілігін, таралуын және айналымын бақылау тікелей (өлім-жітім) және жанама (вакцинацияға иммунитеттің төмендеуі) экономикалық шығындарды болдырмау үшін жақсырақ диагностикалық сынақ жүйелері мен тиімді вакциналар мен болашақ бақылау шараларын әзірлеуде қолданылуы мүмкін. Scopus - 76 базасында citescore бойынша процентилі бар журналға 1 мақала берілді. КОКСНВО ұсынған журналға 1 мақала қабылданды

Level of implementation (in Russian) : не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : енгізілген жоқ

Efficiency (in Russian) : Использование метода CTAB в сочетании со спин-колонками представляет собой надежный и стандартный подход для выделения ДНК и РНК, что обеспечивает высокую вероятность получения качественных нуклеиновых кислот для дальнейшего секвенирования. Оценка разрешающей способности таксономического разнообразия, альфа- и бета-разнообразия является важным шагом для понимания биоразнообразия и структуры микробных сообществ в образцах. SHE-параметры (разнообразие, равномерность и богатство таксонов) дают возможность всесторонне проанализировать экологическое состояние исследуемых образцов. Применение программы Kaiju для таксономической классификации подтверждает использование современных биоинформатических инструментов в проекте. Учитывая все вышеуказанные аспекты, можно заключить, что проект реализуется эффективно. Высокая научная ценность работы обусловлена качественным обоснованием методов, использованием передовых технологий и комплексным подходом к анализу данных.

Efficiency (in Kazakh) : Ctab әдісін спин-бағандармен бірге қолдану ДНҚ мен РНҚ-ны оқшаулаудың сенімді және стандартты тәсілі болып табылады, бұл одан әрі секвенирлеу үшін сапалы нуклеин қышқылдарының жоғары ықтималдығын қамтамасыз етеді. Таксономиялық әртүрліліктің, альфа және бета әртүрлілігінің ажыратымдылығын бағалау үлгілердегі биоәртүрлілік пен микробтық қауымдастық құрылымын түсінудің маңызды қадамы болып табылады. SHE параметрлері (таксондардың әртүрлілігі, біркелкілігі және байлығы) зерттелетін үлгілердің экологиялық жағдайын жан-жақты талдауға мүмкіндік береді. Kaiju бағдарламасын таксономиялық жіктеу үшін қолдану жобада заманауи биоинформатикалық құралдарды қолдануды растайды. Жоғарыда аталған барлық аспектілерді ескере отырып, жоба тиімді жүзеге асырылуда деп қорытынды жасауға болады. Жұмыстың жоғары ғылыми құндылығы әдістердің сапалы негізделуіне, озық технологияларды қолдануға және деректерді талдауға кешенді көзқарасқа байланысты.

Field of application (in Russian) : Результаты проекта могут быть использованы санитарно-эпидемиологическим надзором и птицеводческими хозяйствами.

Field of application (in Kazakh) : Жобаның нәтижелерін санитарлық-эпидемиологиялық қадағалау және құс шаруашылығы пайдалануы мүмкін.