The object of research, development or design (in Russian) : Участниками научно-исследовательского проекта являются пациенты, имеющие стаж диабета не менее десяти лет и соответствующие всем критериями включения. Научно-исследовательский проект направлен на реализацию следующих задач: 1. Идентифицировать новые генетические варианты, ассоциированные с предрасположенностью к развитию ДБП, особенно в отношении этнического/расового происхождения. 2. Подтвердить значимость выявленных вариантов путем анализа их распространенности в большой когорте пациентов с сахарным диабетом 1 типа (СД1) и сахарным диабетом 2 типа (СД2) с и без ДБП. 3. Исследовать связь выявленных вариантов с особенностями, связанными с ДБП, клиническими данными и факторами риска образа жизни, а именно ожирением, липидным обменом и изменениями психоэмоциональной сферы.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу жобасының қатысушылары - кем дегенде он жыл бойы қант диабетімен ауыратын және барлық қосу критерийлеріне сәйкес келетін науқастар. Ғылыми жоба келесі міндеттерді жүзеге асыруға бағытталған: 1. Диабеттік нефропатия дамуына бейімділікке байланысты жаңа генетикалық нұсқаларды анықтау, әсіресе этникалық/нәсілдік шығу тегімен байланысты. 2. Диабеттік нефропатия бар және онсыз 1 типті қант диабеті және 2 типті қант диабеті бар науқастардың үлкен когортында олардың таралуын талдау арқылы анықталған нұсқалардың маңыздылығын растау. 3. Анықталған нұсқалардың диабеттік нефропатия ерекшеліктерімен, клиникалық деректермен және өмір салтының қауіп факторларымен, атап айтқанда семіздікпен, липидтер алмасуымен және психоэмоционалды сферадағы өзгерістермен байланысын зерттеу.

Aim of work (in Russian) : Основной целью этого проекта является обнаружение новых генетических вариантов, ассоциированных с предрасположенностью к развитию ДБП, путем проведения полноэкзомного секвенирования (ПЭС).

Aim of work (in Kazakh) : Біз толық экзомды секвенирлеу орындау арқылы диабеттік нефропатия (ДН) дамуына бейім жаңа генетикалық нұсқаларды анықтауды мақсат етіп отырмыз.

Методы исследования (на русском) : После выделения ДНК в рамках подготовки к ПЭС для каждого образца геномной ДНК была подготовлена библиотека с обязательной проверкой показателей ее качества. Библиотеки далее были подвергнуты парному секвенированию на Illumina NovoSeq 6000 в соответствии с установленными протоколами. ПЭС было выполнено с использованием Cell3 Target: ExomeCG (Nonacus, Великобритания) на NovaSeq6000 (Illumina). В рамках биоинформационного анализа был использован набор инструментов для анализа генома (GATK) с согласованием со сборкой генома человека GRCh37/hg19 в качестве эталона. Выявленные в результате ПЭС локус-кандидаты были отфильтрованы по общедоступным базам данных Genome Aggregation Database и 1000 Genomes Project. Генотипирование выявленных локус-кандидатов было проведено методом ПЦР в режиме реального времени с использованием систем ПЦР ABI/Thermo Fisher Quanto-7 и Quanto-6 Studio.

Методы исследования (на казахском) : ТЭС-ке дайындық кезінде ДНҚ бөлінгеннен кейін әрбір геномдық ДНҚ үлгісіне кітапхана дайындалып, оның сапа көрсеткіштері тексерілді. Одан әрі кітапханалар белгіленген хаттамаларға сәйкес Illumina NovoSeq 6000 жүйесінде жұптық секвенирлеуден өтті. ТЭС NovaSeq6000 (Illumina) құрылғысында Cell3 Target: ExomeCG (Nonacus, Ұлыбритания) көмегімен орындалды. Биоинформатикалық талдауында GRCh37/hg19 адам геномы жинағы эталон ретінде анықталып, қызмет ететін геномдық талдау құралдары (GATK) пайдалынды. ТЭС нәтижесінде анықталған локус-үміткерлер жалпыға ортақ Геномды біріктіру деректер базасы және 1000 геном жобасы дерекқорлары арқылы сүзілді. Анықталған локус-үміткерлер генотиптеу процесі ABI/Thermo Fisher Quanto-7 және Quanto-6 Studio ПТР жүйелерін пайдалана отырып, нақты уақыт режимінде ПТР арқылы жүзеге асырылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : Были отобраны 46 пациентов для проведения полноэкзомного секвенирования (ПЭС). ДНК была извлечена из 46 образцов вскоре после их сбора. Каждый образец ДНК был фрагментирован, целевые экзоны и фланкирующие последовательности были амплифицированы и предварительно гибридизованы. Амплифицированный материал был очищен и проанализирован количественно. Для каждого образца было выполнено секвенирование парных концов. В результате биоинформатического анализа были отобраны локусы-кандидаты. Был проведен биоинформационный анализ 23 больных и 23 контрольных образцов, что способствовало выявлению новых генетических вариантов для выявления ранее неизученных участков генома, которые связаны с предрасположенностью к развитию ДБП. Для скрининга локусов-кандидатов были отобраны 50 пациентов с СД и ДБП и 50 контрольных участников с СД и без ДБП. Был проведен скрининг 400 образцов с использованием метода ПЦР в режиме реального времени.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : ТЭС жүзеге асыру үшін 46 науқас таңдалды. 46 үлгілер жиналғаннан кейін көп ұзамай олардан ДНҚ бөлініп алынды. Әрбір ДНҚ үлгісі фрагменттелді, мақсатты экзондар мен бүйірлік тізбектер күшейтілді және алдын ала гибридтендірілді. Күшейтілген материал тазартылып, сандық талдау жасалды. Әр үлгі үшін жұптастырылған секвенирлеу орындалды. Биоинформатикалық талдау нәтижесінде локус-үміткерлер таңдалды. 23 пациентке және 23 бақылау үлгісіне биоинформатикалық талдау жүргізілді, бұл геномның бұрын зерттелмеген аймақтарында ДБА дамуына бейімділікпен байланысты жаңа генетикалық нұсқаларды анықтауға әкелді. Локус-үміткерлер скринингі үшін ҚД және ДБА бар 50 пациент және ҚД бар ДБА жоқ 50 бақылау қатысушы таңдалды. 400 үлгі нақты уақыттағы-ПТР көмегімен скринингтен өтті.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : 1. Выполнение отбора участников для проведения ПЭС. 2. Выделение ДНК из образцов отобранных участников. 3. Проведение фрагментации образцов ДНК, амплификации и предварительной гибридизации целевых экзонов и фланкирующих последовательностей. Выполнение очистки амплифицированного материала с последующим количественным анализом. Проведение ПЭС ДНК человека с использованием NGS технологий. 4. Выполнение биоинформатического анализа, результатом которого служит идентификация локусов-кандидатов. 5. Отбор и проведение скрининга локусов-кандидатов с использованием метода ПЦР в режиме реального времени.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : 1.ТЭС жүзеге асыру үшін қатысушылар таңдаудың орындалуы. 2. Таңдалған қатысушылардың үлгілерінен ДНҚ бөлудің орындалуы. 3. ДНҚ үлгілерінің фрагментациясының, мақсатты экзондар мен бүйірлік тізбектерді күшейту және алдын ала гибридизациялауының, күшейтілген материалды тазарту, содан кейін сандық талдауының және NGS технологияларын қолдану арқылы адам ДНҚ-ның ТЭС орындалуы. 4. Локус- үміткерлерді анықтауға әкелетін биоинформатикалық талдаудың орындалуы. 5. Таңдау және нақты уақыттағы ПТР әдісін қолдану арқылы локус-үміткерлер скринингтің орындалуы.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено.

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілген жоқ.

Efficiency (in Russian) : Разрабатывается профиль риска ДБП на основе генетических, клинических данных и особенностей образа жизни. Изучаются факторы, ассоциированные с повышенным риском ДБП. Оценивается клинико-диагностическая значимость ПЭС. Проводится учебно-образовательный процесс докторантов.

Efficiency (in Kazakh) : Генетикалық, клиникалық дәлелдер мен өмір салтының ерекшеліктері негізінде ДБА қаупінің профилі жасалады. ДБА қаупінің жоғарылауымен байланысты факторлар зерттелуде. ТЭС клиникалық-диагностикалық маңыздылығы бағаланады. Докторанттардың оқу-білім беру процесі жүргізіледі.

Field of application (in Russian) : Медицина и здравоохранение, клиническая медицина, генетика

Field of application (in Kazakh) : Медицина және денсаулық сақтау, клиникалық медицина, генетика